Problem ontologii
Problem ontologii w topografii cyfrowej najkrócej sprowadzić można do zapanowania nad wielością i zmiennością danych charakterystyczną dla geografii i kartografii historycznej w ogólności. W najwęższym skrócie: ontologia cyfrowa stara się znaleźć remedium na nieodłączny od geografii historycznej problem zmiennych nazw, lokacji i zakresów przestrzennych. W tradycyjnej kartografii historycznej wszystkie te problemy mogą wywoływać problemy bądź to związane z czytelnością mapy czy koniecznym (nie zawsze jasnym) aparatem komentarzy (częste zmiany granic i nazw miejscowych w krótkich okresach czasu), bądź też po prostu z trudnością czytelnego ukazania problemu na dwumiarowej mapie (daleko idące zmiany siatki ulic czy też zmiany lokacji sensu largo [dzielnice, miejscowości]). Wykorzystywane powszechnie systemy geolokacji funkcjonują jednak przede wszystkim w czasie teraźniejszym; o ile mogą one okazać się użyteczne w wypadku zmian nazw miejscowych, o tyle w wypadku poważniejszych zmian przestrzennych już nie. Stąd potrzeba opracowania ontologii prezentacji w środowisku cyfrowym złożonych danych dotyczących zmian czasoprzestrzennych. Ze względu na złożoność rozwiązywanych problemów wciąż należy mówić o ontologiach raczej jako o work in progress niż zamkniętych systemach gotowych do użycia jako podstawa innych projektów. Poszukiwania w tej materii, ze względu na zgromadzoną wiedzę i świadomość problemów na polu geografii historycznej pozostają przede wszystkim domeną tej ostatniej. W środowisku polskiej humanistyki cyfrowej ważnymi osiągnięciami w tym zakresie, istotnymi także na forum międzynarodowym, poszczycić się może zespół Atlasu Historycznego IH PAN, który realizował projekty ontologiczne pod kierunkiem Bogumiła Szadego i Marka Słonia.